Su padre, Víctor Muñoz Reyes, fue Embajador de Bolivia en Japón, razón por la cual pasó su infancia en dicho país. Realizó los estudios primarios y secundarios entre Japón y Estados Unidos, para terminar ingresando en la Universidad de Berkeley (California, USA), en la que obtuvo el título de ingeniero geólogo y una amplia formación de posgrado en geografía, en geología y en el mundo del petróleo y la minería, tanto en los aspectos técnicos como en los económicos. A su regreso a Bolivia trabajó en empresas petrolíferas, lo que simultaneó con el estudio en la Universidad Mayor de San Andrés (La Paz, Bolivia) de las carreras de Derecho y de Ciencias Políticas y Sociales. Su padre en 1927 siendo Ministro de Estado de Bolivia fue uno de los máximos responsables de la creación de la Academia Boliviana de la Lengua. Este ambiente familiar influyó en Jorge, que siempre fue además de un prestigioso científico y técnico un gran lingüista, cuidando al máximo su léxico y dando a sus escritos un estilo literario muy depurado.

En 1935 empezó su relación con la Universidad Mayor de San Andrés, en La Paz, inicialmente como profesor interino, pronto pasó a catedrático, desempeñó un cargo de Vicerrector e incluso llegó a ser Rector de la misma. Compaginó su labor docente e investigadora con el desempeño de cargos directivos en Yacimientos Petrolíferos Bolivianos y en el Banco Minero de Bolivia. Creó y dirigió el Instituto Regional de Geología de la Universidad Mayor de San Andrés.

Sus trabajos científicos son muy diversos, destacando entre ellos los 30 volúmenes del Bosquejo de Geografía de Bolivia publicados a partir de 1956, donde se cubren todos los aspectos de la geografía física, la agricultura, la minería y los yacimientos petrolíferos. En 1977 publicó un libro de Geografía de Bolivia que sigue usándose en la actualidad.

En colaboración con su hija Isabel publicó el Diccionario de bolivianismos y semántica boliviana en 1982, que es una obra lingüística muy importante sobre el español hablado en Bolivia.

Obtuvo numerosos reconocimientos internacionales entre ellos la Orden del Tesoro Sagrado de Japón y la Orden del Cruceiro do Sul de Brasil. Fue el primer presidente de la Academia Nacional de Ciencias, de Bolivia, y ocupó el cargo desde su fundación en 1961 hasta 1976.