Hijo de padres vascos que se instalaron en Málaga a principios del siglo XIX dedicados al comercio. En 1846 fue enviado a Inglaterra a cursar los estudios secundarios en un colegio de gran prestigio y regresó en 1850, incorporándose al comercio familiar. En 1858 efectuó un viaje por diferentes países de Europa y a la vuelta presentó una clara tendencia a dedicarse al estudio de las ciencias naturales, en especial a la geología. Su formación fue esencialmente autodidacta, ayudándose de la lectura y estudio de los numerosos libros adquiridos en su viaje a Europa.
Su investigación se centró en el reconocimiento geológico de la provincia de Málaga, incluyendo el descubrimiento de algunas minas que fueron objeto de explotación. En 1871 publicó un trabajo en Proceeding of the Geological Society (Londres) destacando en el mismo la descripción del Torcal de Antequera. El año siguiente publicó un segundo trabajo en la misma revista donde completó la información paleontológica. En sus salidas al campo además de los aspectos geológicos estudiaba también los entomológicos.
Estudió la cuenca neógena de Málaga prestando especial atención a la edad de los materiales, deducida del estudio de los fósiles encontrados. Su conocimiento de la provincia de Málaga hizo que se le encomendara escribir el "Bosquejo Geológico de la región septentrional de la provincia de Málaga" que se publicó en el Boletín de la Comisión del Mapa Geológico de España en 1877. Por el interés de sus trabajos geológicos fue condecorado por el Gobierno con la concesión de la Orden de Isabel la Católica el año 1876.
Su gran afición a la Geología encontró su fruto en su hijo, D. Domingo de Orueta y Duarte (1862-1926), Ingeniero de Minas, que llegó a ser uno de los geólogos más prestigiosos de su época, Director del Instituto Geológico y Minero de España y Académico Numerario de esta institución.
